El Diccionario panhispánico de dudas dice al respecto:

HORA 2. 1. Es la indicación del momento en que sucede o se hace una cosa en relación con cada una de las veinticuatro partes en que se divide el día. La pregunta que corresponde a la indicación de la hora se formula, en la lengua general culta, en singular: ¿Qué hora es? (en ella, la palabra hora tiene el sentido genérico de ‘momento del día’). Su formulación en plural (¿Qué horas son?) es admisible, aunque menos recomendable, y se da con cierta frecuencia en algunos países de América, especialmente en el nivel popular: «-¿Qué horas son, compa? -Van a dar las cinco» (Campos Carne [Méx. 1982]). Solo es normal el plural en la frase hecha de intención reprobatoria ¿qué horas son estas?: «¿Cómo que qué horas son estas de llamar? ¡Pero si ha sido usted quien…!» (GaMay Operación [Esp. 1991]). En la respuesta, el verbo va en singular si se trata de la una (Es la una y diez) y en plural en el resto de los casos (Son las diez y media; Son las dos menos cuarto).