Le copiamos lo que sobre esos dos verbos dice el Diccionario académico:

percudir.

(Del lat. percutĕre).

1. tr. Dicho de la suciedad: Penetrar en algo.

2. tr. Maltratar o ajar la tez o el lustre de las cosas.

empercudir.

(De en- y percudir).

1. tr. Dicho de la suciedad: Penetrar en algo, especialmente en la ropa manchada o mal lavada. U. t. c. prnl.

Como ve, se trata de sinónimos cuando se refieren a la suciedad.