Ambas formas son correctas, pero en medicina se prefiere intubar, que el Diccionario de términos médicos de la Real Academia Nacional de Medicina de España define del siguiente modo: ‘introducir un tubo o una cánula dentro de un conducto, de un órgano hueco o de una cavidad orgánica’. También el Diccionario de la Academia remite de entubar a intubar en su sentido médico.