Como indica, el prefijo ex- se escribe, por lo general, unido al término al que acompaña. Sin embargo, en las locuciones latinas que menciona, no es un prefijo, sino la preposición latina ex, que se escribe separada: ex novo, ex aequo. Hay que tener en cuenta que, a partir de algunas de las construcciones latinas que tienen esta preposición, se han creado sustantivos adaptados al español que se escriben en una sola palabra: exabrupto (que viene del latín ex abrupto), exvoto (de ex voto)…