Normalmente se hace con las siglas y los acrónimos que tienen cinco o más letras y que pueden leerse como una palabra: Unicef, Mercosur, etc. No es adecuado, en cambio en casos como la ONU o la CIA, aunque ciertas entidades ya han adoptado la escritura solo con la mayúscula inicial, en cuyo caso lo aconsejable es respetarla.

En cuanto al nombre de la Agencia Efe, probablemente no se trate de una sigla, sino simplemente del nombre de una letra, aunque si lo fuera no impediría esta escritura.