Los tercios, como usted señala, eran un tipo de unidad militar española, y los de Flandes, las unidades de este tipo que estuvieron allí. No hay por qué escribir tercio (sustantivo común, como brigada o compañía) con inicial mayúscula a no ser que forme parte de una denominación específica (Tercio Viejo de Lombardía, Tercio Torrecusa, Tercio de Galeras…).