Según el DRAE por encima es una locución adverbial y no se trata de un uso vulgar, mientras que por encima de puede ser, según los casos, una locución preposicional o una locución adverbial.

Pero, en efecto, hay también casos en los que, como usted indica, por encima de son simplemente dos preposiciones y un adverbio entre ellas: «el avión pasó por encima de mi casa».