Aunque las dos son válidas, resulta preferible la grafía misil, con pronunciación aguda (plural misiles, mejor que mísiles).

Pese a que el Diccionario panhispánico de dudas y el Diccionario del estudiante, de las Academias de la Lengua, como otros diccionarios de uso recogen ambas grafías, en todos los casos se da como variante recomendada misil. De hecho, el Diccionario de la lengua española solo registra esta forma, mucho más extendida.