Halla es del verbo hallar y significa «encuentra, descubre, inventa»: «el jabalí halla alimentos en los bosques».
Haya es del verbo haber, y por tanto sus funciones principales son formar ciertos tiempos compuestos:«cuente lo que haya visto», e indicar existencia: «haya paz», «no creo que haya víctimas». Además, «haya» es un árbol.