Le copiamos lo que dice al respecto el Diccionario panhispánico de dudas:

desaparecer(se).

1. Verbo irregular: se conjuga como agradecer.

2. Cuando significa ‘dejar de estar en un lugar o dejar de estar a la vista’ y ‘dejar de existir’, es intransitivo; en la lengua culta es mayoritario su uso en forma no pronominal, tanto en España como en América: «El cadáver desapareció» (Cohen Insomnio [Arg. 1986]); pero en el español americano no es infrecuente su uso como intransitivo pronominal: «Salió ayer en la mañana a comprar unos chorizos en Benedetti y se desapareció sin recoger sus corotos» (Herrera Casa [Ven. 1985]).

3. En el español de América se usa a menudo como transitivo, con el sentido causativo de ‘hacer que [algo o alguien] desaparezca’: «Tratamos de convencer a mi madre de que es imposible que papá vuelva a estar entre nosotros (lo desaparecieron en el 74)» (Benedetti Césped [Ur. 1995]); este uso convive con la estructura causativa normal hacer desaparecer: «¿Por qué no me pregunta si soy partidario de que caigan presos los que hicieron desaparecer a mil personas en Chile?» (Vega Estado [Chile 1991]).