Tanto la voz aguapanela, recogida en el Diccionario de americanismos, como agua de panela, expresión incluida en el Diccionario de la lengua española, son válidas. 

Por otro lado, lo adecuado es emplear el artículo el delante de agua de panela, pues agua, a pesar de ser un sustantivo femenino, empieza por a tónica. En el caso de la forma en una palabra, lo habitual y recomendado es el uso de la al no ser ya tónica la a inicial: «Me gusta la aguapanela fría». No obstante, también es posible utilizarlo como nombre masculino: «Me gusta el aguapanela frío».