Esto es lo que dice la Real Academia Española:

Kioto. Forma adaptada a la ortografía española del nombre de esta ciudad de Japón: «El destino del protocolo de Kioto se perfila como uno de los temas controvertidos de las conversaciones de Bush con los líderes europeos» (País [Ur.] 11.6.01). No debe usarse en español la grafía inglesa Kyoto.