Aunque en el habla cotidiana se podrían utilizar ambas expresiones, es más correcto emplear sustitución (ya que sustituir es ‘poner algo en lugar de otra cosa’, y de eso se trata, de poner banderas nuevas en lugar de las deterioradas) que reposición (reponer es ‘reemplazar lo que falta o lo que se había sacado de alguna parte’, y no es que falten las banderas, es que están estropeadas).