La expresión no es incorrecta y se usa en español desde hace varios siglos, si bien es verdad que a menudo bastaría con decir «relacionar». Hay casos donde «poner en relación» es la opción adecuada, como en la definición

del Diccionario académico de «homologar»: ‘Equiparar, poner en relación de igualdad dos cosas’.