Se escriben con minúscula: queso cheddar, mozzarella. Sí se escriben con mayúscula, como explica la Ortografía, los nombres propios de los lugares de origen de los productos cuando se alude a ellos como tales lugares, con la preposición de: un queso de Cabrales (frente a un cabrales). También van con mayúscula las marcas comerciales, como queso Philadelphia.