Es un sustantivo correctamente formado a partir del griego iatrós (‘médico’) y -⁠fobia (‘aversión o rechazo’). Admite tanto la escritura con i como con y.

A pesar de no aparecer en el Diccionario de la lengua española, este sí recoge yatrogenia (también iatrogenia), formada sobre la misma base griega y que significa ‘alteración, especialmente negativa, del estado del paciente producida por el médico’. 

La ortografía académica explica que esta es una de las palabras en las que se dan como válidas las formas con i y con y (como hierbabuena/yerbabuena o iodo/yodo), si bien en este caso concreto da preferencia a yatrogenia.