Básicamante, por qué introduce una pregunta, sea directa (es decir, con interrogaciones) o indirecta: «¿Por qué lo ha hecho?», «No sé por qué lo ha hecho».

En cambio, porqué es un sustantivo que equivale a razón, motivo o causa y casi siempre va con un artículo u otro determinante: «No sé el porqué de su conducta».

Tiene más información en nuestra recomendación «porqué, porque, por que y por qué» y en la Wikilengua.