Aunque poco frecuente, esta oposición de sentidos se da en algunas palabras, como puede ver en Enantiosemia.

La explicación de este caso concreto la ofrece el Diccionario de términos médicos (Real Academia Nacional de Medicina, España):

nictalopía (lat. mediev. nyctalōpia [nykt- gr. ‘noche’ + al(aós) gr. ‘ciego’ + -ōpíā gr. ‘vista’] ‘dificultad para ver de día’; sin embargo, el término es un derivado del gr. nyktálōps ‘que no ve de noche’; esta confusión terminológica se ha corregido en época moderna donde se intenta que signifique, como en gr., ‘dificultad para ver de noche’; véase también → -opía).
1 s.f. = ceguera nocturna.
2 s.f. = ceguera diurna.

OBS.: Puede verse también la acentuación etimológica con diptongo «nictalopia» (→ (OBS.) -opía). || Por semejanza de campo temático, existe riesgo importante de confusión entre ambas acepciones. En la escuela anglosajona, se usa con el primer sentido; en las escuelas francesa y alemana, en cambio, con el segundo.