La forma adecuada en ese caso es 1000, sin espacio entre cifras ni punto. Esto es lo que indica el Diccionario panhispánico de dudas:

«Al escribir números [sin decimales] de más de cuatro cifras, se agruparán estas de tres en tres, empezando por la derecha, y separando los grupos por espacios en blanco: 8 327 451 (y no por puntos o comas, como, dependiendo de las zonas, se hacía hasta ahora: *8.327.451; *8,327,451). Los números de cuatro cifras se escriben sin espacios de separación: 2458 (no *2 458). En ningún caso deben repartirse en líneas diferentes las cifras que componen un número: *8 327 / 451». Cuando hay decimales el agrupamiento se hace a partir del signo decimal, hacia la izquierda o hacia la derecha.

No obstante, las normas internacionales de escritura de números sí admiten el espacio y la ISO, incluso, recomienda no suprimirlo en caso de que el número tenga cuatro cifras: 1 000.