Las dos formas son correctas: la vigésima tercera edición del Diccionario académico remite de maharajá a la grafía marajá; por otra parte, el Diccionario panhispánico de dudas indica que la forma etimológica es maharajá, si bien también se considera válida marajá. 

Respecto al nombre de la esposa de este príncipe de la India, el Diccionario académico recoge  solo la forma maharaní, plural maharanís o maharaníes, recomendada también en el Diccionario panhispánico de dudas, que también ofrece la variante marajaní.

Sus plurales respectivos son maharajás y marajás para el masculino, maharanís o maharaníes, marajanís o marajaníes, para el femenino.