Aunque macrofita no está recogida en el diccionario académico, si aparece el sufijo -fita (llano) y otras voces con el mismo elemento final, como briofita, metafita y talofita, también llanas, aunque se admite la forma esdrújula.

El Diccionario esencial de las ciencias de la Real Academia de Ciencias solo recoge la forma llana (macrofita).

En macrófila no hay alternancia y es esdrújula.