La palabra adecuada según el Diccionario académico es intersecarse, cuya definición es ‘dicho de dos líneas o de dos superficies: Cortarse o cruzarse entre sí’.
La forma intersectar(se) posiblemente haya surgido por la influencia del inglés intersect o por el sustantivo intersección.

Ver también dos planos se intersecan, no (se) intersectan.