En las oraciones condicionales con tiempos compuestos, se puede utilizar el pluscuamperfecto de subjuntivo en la parte que expresa la condición y el condicional compuesto en el posible resultado («Si hubieran aparecido, habrían podido participar») y también es posible utilizar el subjuntivo en las dos partes («Hubiera sido mejor si nos hubiéramos quedado en casa»).

Como señala la Gramática, no hay alternancia libre de estos dos tiempos (hubiera/habría) en oraciones en las que el subjuntivo es exigido por otro verbo u otra oración («Lamentó que a su jefe no le hubiera gustado el trabajo» y no *«no le habría gustado»), pero sí en otras en las que el subjuntivo no es obligatorio («Me habría/hubiera gustado trabajar con él»).