Ambas están en el diccionario de la RAE y significan cosas distintas.

Hidrófobo es ‘que no adsorbe el agua’ (observe que alude a la adsorción, no a la absorción). Se trata por tanto de una propiedad de las superficies que repelen el agua y que se pone de manifiesto, por ejemplo, en las gotas esféricas de rocío sobre las hojas de las plantas.

Hidrófugo se aplica a sustancias, sobre todo materiales de construcción, que evitan la humedad o las filtraciones de agua (como el yeso hidrófugo o las barreras que se inyectan en los muros).

Además, hidrófobo es ‘que padece hidrofobia’ (miedo al agua).