De hecho, se emplean ambos. «Comandante jefe» es el jefe de una brigada, regimiento, etc. (o departamento de la policía), como se recoge en la segunda acepción de la voz jefe en el DRAE. «Comandante en jefe» se forma con la locución adjetiva en jefe, que el Diccionario del español actual de Seco, Andrés y Ramos define como aplicado a un comandante o un general que tienen el mando supremo.

«Fuerzas Armadas» se escribe con mayúscula cuando se refiere a la institución, pero con minúsculas cuando claramente se refiere a parte de ella (es decir, a un conjunto de sus miembros).