De hecho, se emplean ambos. Comandante jefe es el jefe de una brigada, regimiento, etc. (o departamento de la policía), como se recoge en la segunda acepción de la voz jefe en el DLE. Comandante en jefe se forma con la locución adjetiva en jefe, que el Diccionario del español actual de Seco, Andrés y Ramos define como aplicado a un comandante o un general ‘que tienen mando supremo’.

Fuerzas Armadas se escribe con mayúscula cuando se refiere a la institución, pero con minúsculas cuando claramente se refiere a parte de ella (es decir, a un conjunto de sus miembros).