Si a lo que se refiere es a niños que carecen del amparo de alguien que los cuide como hijos, en efecto, es un contrasentido, porque «amparo filial» es «amparo de los hijos», y aparentemente en esta expresión los hijos no son lo que amparan, sino que son los amparados, de forma similar a como «amor filial» es el amor de los hijos a sus padres, obediencia filial es la obediencia de los hijos, etc. Incluso en el segundo sentido del DRAE se refiere a la entidad dependiente con relación a la principal.

Sí sería correcto, por ejemplo, «ancianos sin amparo filial» (es decir, ancianos sin el amparo de los hijos). Parece más adecuado hablar de «amparo parental» (de los parientes) o «amparo familiar», aunque la palabra correcta depende del sentido exacto que se le esté dando.