El banco de datos terminológico de la Unión Europea señala que la forma adecuada en español es Agencia Europea de Medicamentos. Esta denominación se acompaña a menudo con la sigla EMA, de European Medicines Agency.

Si se escribe el nombre completo de este organismo, lo adecuado es hacerlo con mayúscula inicial en todas las palabras significativas.

La misma fuente desaconseja por obsoletas las formas Agencia Europea para la Evaluación de Medicamentos y la sigla EMEA.