Es una construcción calcada del inglés to be in trouble, de uso extendido en el español americano que no resulta inapropiada. En el español europeo se usan alternativas como tener problemas, estar en apuros o meterse en líos, según el contexto.
Así, ejemplos como «Su selección está en serios problemas» o «Parece que El Salvador estaba en problemas en esa época también» son adecuados.