Según la nueva edición de la Ortografía, las palabras formadas por prefijos terminados en -e como pre-, re-, sobre-, etc., pueden escribirse tanto con -e- como con -ee-, aunque la forma simplificada solo se admite cuando la reducción vocálica esté generalizada en la lengua oral y no existan problemas de identificación del término con otro ya existente de diferente significado (la forma sin simplificar es válida siempre). En el caso concreto que nos indica, las dos formas podrían considerarse válidas (sobrexplotar y sobreexplotar), aunque el Diccionario de la Real Academia solo recoge esta última.