No hay nada de incorrecto en usar la romanización de McCune-Reischauer para la capital de Corea del Norte si el contexto así lo requiere.

Las Academias de la Lengua establecen una serie de recomendaciones para adaptar ciertos macrotopónimos que están destinadas principalmente a la prensa y escritos de carácter general, pero en obras especializadas nada impide usar romanizaciones normalizadas, pues, como explica la propia Ortografía en la página 620, «el establecimiento de los criterios de transliteración y transcripción estricta de las palabras procedentes de lenguas ágrafas o con alfabetos no latinos [quiere decir escrituras en general, no solo alfabéticas] es competencia de los expertos en cada una de esas lenguas, y suele canalizarse a través de instituciones académicas, publicaciones especializadas u organismos de normalización».

En estos contextos, es perfectamente válido y puede incluso ser necesario escribir P’yŏngyang, Čelâbinsk (según el sistema de la ISO) o Iraq, por ejemplo.