Al final de cada una de las acepciones del diccionario aparece la abreviatura U. t. c. f. (Utilizado también como femenino), y en el Diccionario panhispánico de dudas se vuelve a decir:

maratón. ‘Carrera pedestre de resistencia’ y, en general, ‘competición de resistencia o actividad larga e intensa’. Esta voz comenzó a circular en el primer tercio del siglo XX con género masculino; posteriormente, por influjo del género de prueba o carrera, se ha ido extendiendo su uso en femenino, también válido: «Kurtis fue segundo en el maratón de Hong Kong» (Clarín [Arg.] 3.7.87); «Lo vimos de pantalón corto y cintillo corriendo una maratón» (Hoy [Chile] 2-8.6.97). No debe usarse la grafía marathón.

Finalmente, la Nueva gramática de la lengua española confirma que esta palabra es ambigua en cuanto al género, esto es, que puede usarse tanto en femenino como en masculino, el maratón / la maratón, igual que ocurre con el mar / la mar.