La forma apropiada es Leonardo da Vinci, con la partícula da en minúscula. El Manual de estilo de la lengua española de José Martínez de Sousa explica que, en italiano, la partícula da se escribe con minúscula si no es propiamente parte del apellido sino que indica la procedencia de la persona. Es el caso de Leonardo, al que se conoce de esa forma porque nació en la localidad italiana de Vinci.

No obstante, en la actualidad suele interpretarse como el apellido y, en ese caso, es preferible optar por la mayúscula (Da Vinci), al igual que ocurre en español, cuando la preposición no aparece precedida del nombre de pila.