Pueden emplearse ambas formas, pero con sentidos distintos y en distintos lugares. Le copiamos lo que dice al respecto el Diccionario panhispánico de dudas:

hacer(se) (de) cuenta. La locución hacer(se) cuenta se emplea en España con los sentidos de ‘darse cuenta o hacerse cargo’ e ‘imaginar o dar por hecho’; en ambos casos se construye con un complemento introducido por la preposición de, que puede omitirse por consabido: «No se hacía cuenta de su magnitud» (Villena Burdel [Esp. 1995]); «-Enséñamelo. -¿Para qué? Hazte cuenta de que lo he roto» (BVallejo Trampas [Esp. 1994]). Como se ve en este último ejemplo, si el complemento es una oración subordinada introducida por la conjunción que, en el habla esmerada debe mantenerse la preposición de, aunque sea frecuente suprimirla en la lengua coloquial: *«Haz cuenta que lo echas a un pozo» (Alviz Son [Esp. 1982]). En el español americano, con el sentido de ‘fingir o imaginar’, se usa en la forma hacer(se) de cuenta, y el complemento no va introducido por ninguna preposición: «Pero si no quiere, haga de cuenta que no dije nada» (Paso Palinuro [Méx. 1977]); «Hacete de cuenta que sos un pájaro que levanta el vuelo» (Puig Beso [Arg. 1976]).