En el Diccionario panhispánico de dudas se explica lo siguiente:

Se escribe coma detrás de determinados enlaces como esto es, es decir, a saber, pues bien, ahora bien, en primer lugar, por un/otro lado, por una/otra parte, en fin, por último, además, con todo, en tal caso, sin embargo, no obstante, por el contrario, en cambio y otros similares, así como detrás de muchos adverbios o locuciones adverbiales que modifican a toda la oración y no solo a uno de sus elementos, como efectivamente, generalmente, naturalmente, por regla general, etc.: «Por lo tanto, los que no tengan invitación no podrán entrar al recinto; no obstante, podrán seguir el acto a través de pantallas instaladas en el exterior. Naturalmente, los invitados deben vestir de etiqueta».

Si estas expresiones van en medio de la oración, se escriben entre comas: «Estas palabras son sinónimas, es decir, significan lo mismo; los antónimos, en cambio, tienen significados opuestos».