Depende de qué se quiera expresar. Si está pensando en los sentidos de ‘hacer que una persona piense de una manera concreta’ o ‘sobornar’, son adecuados tanto cooptar como coptar, de acuerdo con el Diccionario de americanismos. Con el significado de ‘cubrir unas vacantes’, el diccionario académico solo recoge la grafía cooptar, con doble o.

Otra posible interpretación es la de que se opta conjuntamente a algo, caso en el que lo indicado sería escribir con guion el prefijo para evitar la confusión con los significados explicados anteriormente, tal y como explica la ortografía académica: co-optar.