Es mejor, tal como sugiere el Diccionario panhispánico de dudas, mantener la coherencia en el género, teniendo en cuenta que ambas son masculinas cuando el giro tiene el sentido de ‘fin o parte final’. Con otros sentidos, «la alfa» no presenta problemas porque los nombres de letras son una excepción a la norma: «la a», «la hache». Tiene más información sobre el cambio de «la» a «el» en la Wikilengua.