Tanto el Diccionario de términos médicos (Real Academia Nacional de Medicina, de España) como la 23.ª edición del Diccionario de la lengua española (Real Academia Española) prefieren la acentuación etimológica alérgeno, pero incluyen la forma llana, alergeno, como variante.

El Diccionario panhispánico de dudas (DPD), en la edición del 2005 que se encuentra en proceso de actualización y adaptación de acuerdo con las obras académicas posteriores, recogía que la forma correcta era alérgeno, y no alergeno.