Inhabilitar es ‘declarar a alguien inhábil o incapaz de obtener o ejercer cargos públicos, o de ejercitar derechos civiles o políticos’, y también ‘imposibilitar para algo’.
Deshabilitar, por su parte, es un calco del inglés disable empleado principalmente en la jerga informática con un sentido similar a desactivar.
Aunque el calco es reciente, su uso está bastante extendido, por lo que cabe que en un futuro próximo lo recojan los diccionarios. Por el momento, en prácticamente todas las ocasiones, deshabilitar puede sustituirse por desactivar u otro término parecido; de todas formas, si se usa, es recomendable restringirlo al ámbito de la informática.