Estos dos verbos no son sinónimos.
Suplantar significa ‘ocupar con malas artes el lugar de alguien, defraudándole el derecho, empleo o favor que disfrutaba’, por tanto tiene siempre un matiz negativo del que carecen sustituir o suplir.
Así, en ejemplos como «Strauss-Kahn sugiere que el FMI cree una moneda que suplante al dólar como reserva» o «El objetivo de este encuentro es suplantar o actualizar el actual Protocolo de Kyoto sobre el cambio climático», se debería haber escrito: «Strauss-Kahn sugiere que el FMI cree una moneda que sustituya al dólar como reserva» y «El objetivo de este encuentro es sustituir o actualizar el actual Protocolo de Kyoto sobre el cambio climático».