Puede emplearse en ambos géneros: el caparazón, la caparazón.
En el habla culta de España predomina el masculino, y en los países hispanoamericanos se considera también culto el empleo de la forma femenina.
En los medios de comunicación encontramos ejemplos como «El niño era apodado “el niño tortuga” por la enorme caparazón que recubría su espalda» o «El camuflaje acústico definitivo es un caparazón con forma piramidal». Ambos usos son correctos.
