La forma más extendida y preferible en español es al-Qaeda, mejor que al-Qaida.
En los medios de comunicación de España e Hispanoamérica se pone de manifiesto cierta vacilación al escribir el nombre de la organización terrorista islamista fundada por Osama bin Laden: «EE. UU. preocupado por eventual ataque informático de al-Qaeda», «Irak, puerta de entrada de al-Qaida en Siria».
Aunque al-Qaida no es incorrecto, por lo que ambos ejemplos son válidos, la forma más extendida al-Qaeda.