La ortografía académica indica que, aunque las siglas de nombres comunes se escriben con mayúsculas, estos se redactan con iniciales minúsculas como corresponde a su naturaleza. Ocurre lo mismo con los nombres de los impuestos y las tasas. 

Por lo tanto, la grafía recomendada es salario mínimo interprofesional (SMI), aunque no vaya acompañada de la sigla.