Se puede escribir tanto UNESCO, con todas las letras en mayúscula, como Unesco, solo con mayúscula en la primera letra.
En la prensa se pueden encontrar ambas formas: «Las autoridades estadounidenses solicitaron que expertos de la Unesco visiten este año uno de los puntos de mayor biodiversidad de toda América del Norte» o «El objetivo de la UNESCO es facilitar el acceso a los datos y mapas disponibles».
El acrónimo UNESCO (a partir del inglés United Nations Educational, Scientific and Cultural Organization, es decir, Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura) se corresponde con un nombre propio y está formado por más de cuatro letras, por lo que, como se explica en la Ortografía de la lengua española, puede escribirse asimismo solo con mayúscula inicial: Unesco.
Por ello, los ejemplos son todos válidos.
