La diferencia entre un tiempo verbal y el otro es que el pretérito perfecto simple («se hundió») implica que la acción concluyó en el período de tiempo indicado («este jueves»), mientras que el pretérito imperfecto («se hundía») implica que la acción aún no había concluido en ese tiempo.

En el ejemplo que nos propone, lo correcto es «la patera que este jueves se hundió en el Estrecho», ya que se refiere a una acción que ya ha llegado a su fin, aunque es frecuente ver este uso incorrecto del pretérito imperfecto en los medios de comunicación.