Estos términos no deben confundirse.

Afección es 'enfermedad' y 'afición, inclinación, cariño, apego'; afectación es la 'acción de afectar' pero en lugar de esta palabra se prefieren otras como influencia, efecto, consecuencia, secuela, repercusión, etc.

El uso indebido de la palabra afección puede invertir el sentido que se quiere dar a una frase, como en el caso de «Las obras deben hacerse con la menor afección posible a los árboles», donde realmente no se quiere decir que se trate a los árboles con el menor cariño posible, sino que no resulten afectados.

En contextos médicos, el significado de afección y afectación es muy cercano pero es incorrecto confundir estas palabras porque afección es solo para referirse a la enfermedad y afectación para referirse a un órgano corporal afectado por accidente o enfermedad.