Pago en especie (o en especies) es la expresión adecuada para decir que algo se paga (o se cobra) 'en frutos o géneros y no en dinero', tal y como recoge el Diccionario panhispánico de dudas. No es apropiado, por tanto, hablar de pago en especia o en especias.
Se pueden encontrar, sin embargo, ejemplos en los medios de pago en especia o en especias: «El modo de reembolso de los préstamos es en especia, como petróleo y otras materias primas», «La compañía permitirá el pago fraccionado y que parte del crédito se le devuelva en especias, en servicios de promoción en la ciudad».
En estos ejemplos lo apropiado habría sido escribir que el reembolso y el crédito se harían en especie (o en especies).
Aunque es poco frecuente, a veces se encuentran documentos —sobre todo de economía— donde se usa el acrónimo inglés PIK (payment in kind) para referirse al pago en especie. Si por alguna razón se opta por usar dicho acrónimo en textos en español, es recomendable explicar su significado entre paréntesis, al menos la primera vez que se utilice.