Infestar es 'invadir [algo o a alguien] en forma de plaga' y suele ir seguido de la preposición de («la zona está infestada de mosquitos»), mientras que infectar hace referencia a una invasión de microorganismos patógenos, como virus o bacterias, y significa 'invadir [una herida o un organismo] causando una infección' según indica el Diccionario panhispánico de dudas.
Infectar tiene además, en sentido figurado, el significado de corromper moralmente a una persona, por ejemplo, «El ansia de dinero infecta a todos».
También infestar tiene otros significados: 'destrucción de un lugar por actos de bandidaje («Los delincuentes infestaban el barrio»); 'abundancia invasiva en un lugar de plantas y animales perjudiciales' («Las cucarachas infestaban la casa abandonada») y 'exceso de personas o cosas' («Los aficionados infestaban las calles próximas al estadio»).