Las dos formas son válidas, pero no se emplean las dos en todas partes. Le copiamos lo que dice al respecto el Diccionario panhispánico de dudas (http://buscon.rae.es/dpdI/SrvltConsulta?lema=moratón):

moretón. ‘Cardenal (moradura de la piel)’. Esta es la forma originaria y la única usada en el español de América: «Le tocó a ella ponerle emplastos en los moretones» (Allende Eva [Chile 1987]); en España, moretón, forma preferida en zonas como Andalucía, Canarias o Cataluña, alterna con moratón, mayoritaria en el habla culta del centro peninsular: «El paso del tiempo iba borrando de los pechos las marcas de los mordiscos y los moretones» (Mendoza Ciudad [Esp. 1986]); «Tiene un moratón en la frente» (Merino Choz [Esp. 1987]).