Del Diccionario panhispánico de dudas:

Se escriben con mayúscula determinados nombres, cuando designan entidades o colectividades institucionales: la Universidad, el Estado, el Ejército, el Reino, la Marina, la Judicatura, el Gobierno. En muchos casos, esta mayúscula tiene una función diacrítica o diferenciadora, ya que permite distinguir entre acepciones distintas de una misma palabra: Iglesia ('institución') / iglesia ('edificio'), Ejército ('institución') / ejército ('conjunto de soldados'), Gobierno ('conjunto de los ministros de un Estado') / gobierno ('acción de gobernar'). La mayúscula diacrítica afecta tanto al singular como al plural: «Europa es importante para los Gobiernos, pero sobre todo para los ciudadanos» (País [Esp.] 9.1.97).