Se trata de una construcción en pasiva refleja que exige la forma se: no se aplica a los vuelos domésticos. El sujeto del verbo puede aparecer en la frase (esta tarifa no se aplica a los vuelos domésticos) o no aparecer, si lo que precede a la frase permite entender cuál es: La mayoría de los vuelos disfruta de una rebaja del 20 %; no se aplica a los vuelos domésticos.
La forma no aplica para..., aunque extendida en algunas zonas, no es gramaticalmente apropiada.